1901年馬偕因患癌症去世時，再沒有人懷疑他一直持守的原則，就是為本地事工訓練本地工人的果效。當然，多年後他也變得成熟老練，承認長老會在台灣南部事工的價值。他說：「雖然我們的方法不同，我們『信仰盼望相同，愛心亦一致』……上帝並沒有指定主的僕人該怎樣工作；人人都應照著自己的能力與處境，來服事我們的主。」
馬偕在台灣北部遺留下的產業，至今仍然存在。他創立的學校為台灣現代教育鋪路，牛津學院(即現今的真理大學)也被公認為高等教育學府的先鋒。他建立的診所就是現在的馬偕醫院；後來搬到台北市中心，被稱為馬偕紀念醫院。
更重要的是，馬偕建立的無數教堂最終成了北台灣長老教會的基石。他賦予本地傳道人更多自主與自由的空間，遠超過昔日大部分的西方宣教士。他也幫助他們自立自足，對台灣教會的增長帶來重要的作用。他的影響力甚至延至家鄉，正如達夫當年啟發了他一樣，馬偕的英勇事蹟也激發年輕人獻身成為宣教士。
但最為人津津樂道的是馬偕如何認同台灣人的生活。他的完全委身、對人的真誠關懷，以及要克服文化、語言、種族障礙的決心正正反映了上帝對祂子民不離不棄的愛，也因此為主贏得許多人心。研究馬偕生平的學者盧勒教授(James Rohrer)指出，馬偕的事奉告訴我們，文化上的差異是可以透過互相關愛與尊重所建立的關係來跨越的。他寫道：「馬偕敞開自己去接觸他所服事的人，也願意為他們而有所改變。這種願意與當地人融合為一、盡量與他們完全認同的渴望，深深觸動許多他所接觸的人。」
對馬偕來說，這一切都是因著他深深熱愛台灣與當地人民的緣故。他寫道：「這個小島是我心中所愛的。」他愛當中的山巒、幽谷、江河及人民。他宣告：「我樂意以福音服事他們，甘心付上生命千萬次。」
他以一首詩〈最後的住家〉(My Final Resting Place)來表達此情此愛(此詩後來經由他人編曲成為一首台語詩歌，以下詩詞是根據台語歌詞改寫)：
我全心所疼惜的台灣啊！我的青春全獻給你。
我全心所疼愛的台灣啊！我一生的歡喜都在此。
我在雲霧中看見山嶺，從雲中縫隙觀望全地，
波瀾大海遙遠的對岸，我愛在此眺望不息。
我心未可割離的台灣啊！我的人生全獻給你。
我心未可割離的台灣啊！我一生的快樂都在此。
盼望我人生的終點站，在大浪拍岸的響聲中，
在竹林搖動的蔭影裡，找到一生最後的住家。
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