1945年，中國內地會總幹事豪頓主教向孫德生發出挑戰：加入中國內地會，擔任澳州和紐西蘭地區的主任。這完全顛覆了他的世界。
其實孫德生早已參與了中國內地會的工作，但不屬於全職同工。他之前在律師事務所的僱主—威金森（John Wilkinson），是紐西蘭中國內地會的理事會主席，常請孫德生協助文書與行政的工作。孫德生不只與本地宣教士和奉獻人士有來往，又安排聚會與探訪，後來還加入成為理事會一員。但如今豪頓主教卻邀請他加入成為全職同工。
老實說，當時還真不是有任何巨大改變的最好時機。1931年，孫德生與伊迪絲結婚，兒子威伯現在九歲大；孫德生現在已不是孓然一身，必須舉家遷移，搬到澳洲。
況且，他在聖經學院也做得不錯，離開學校是件不可思議的事。親友都不贊成他離開，說：「你為何要捨大求小呢？」有些人說，上帝不會為了要祝福中國內地會，而搶走聖經學院的好校長、好領袖的。
但當孫德生與妻子不斷為這事禱告時，他們覺得這是上帝對他們的心意。所以，雖然有各種合理的反對聲浪，孫德生毅然接受這職務—惟有在他憑信心踏出一步之後—上帝才開始鋪平他的路，並印證他的選擇是正確的。後來聖經學院找到一位合適的接管人，解決了大家的疑慮；在孫德生離任前，一位奉獻者的捐助也奇妙地解決了學院興建大樓所積欠的建築費用問題。接著，當他們一家搬到澳洲墨爾本時，雖然當時找房子不容易，但上帝卻為他們預備了美好的住處。親友們因此而開始改變想法，肯定他的決定。
孫德生再次發現，他和妻子伊迪絲必須要在還沒有印證之前就勇敢邁出信心的步伐—即便如此會違背朋友們的好心相勸；但惟有在他們決定並採取行動之後，上帝才向他們印證他們是按著祂的旨意行動的。他發現這不是一件容易的事。
但這只是旅程的起點。孫德生雖然有在律師事務所工作和帶領聖經學院的經驗，但他發現與宣教士相處卻是另一回事。他沒有宣教的實戰經驗，加上一貫有條不紊、商業化的處理問題方式，對一些資深的宣教士來說，也未必會受到歡迎。不過，一段時間過後，多數的人都開始重視他的決斷、遠見和命中問題核心的能力。他的講道和演講使他更加出衆，不斷地感動、啟發和激勵他的聽眾。
接著在1954年，他收到一封邀請他擔任中國內地會負責人的信。當他記起上帝如何在過去多次地加添他能力，去面對看似不可能的挑戰，就抑制自己，不馬上推辭，而是與妻子伊迪絲一起多次祈禱。這一次，上帝給了他幾個暗示，讓他知道無論他對這份工作有什麼疑慮，上帝都會再次帶領他度過的。
妻子伊迪絲告訴他，這種轉變是「無可避免的」；這時，一位與他同住的老朋友則向他引用了彼得前書5章1-7節彼得勸勉眾長老以正確的態度牧養群羊。孫德生用《腓力斯現代英語新約》（The New Testament in Modern English）來讀這段經文，特別受到感動。經文說：「要甘心樂意地接受照顧他們的責任，而不是基於你認為這是自己無法逃避的義務……你可以把一切焦慮卸給祂，因為祂顧念你。」
這些話對他簡直是當頭棒喝。上帝顯然要他用正確的心態來接受這個任務，同時又向他保證，會在整個旅程中與他同行。
在接下來的15年裡，孫德生緊緊抓住這個確據，帶領中國內地會面對各種考驗。當時中國是宣教士的禁區，內地會同工正在思考前路，考慮讓宣教士們到日本、台灣、印尼、菲律賓、泰國和馬來西亞宣教。差會內部也面臨大型的重組，調整領導階層的角色與責任。孫德生需要四處奔波，探訪宣教士，了解他們的工作、挑戰和需要—又要說服他們去適應局勢的改變。他也需要與不同國家與地區的監管理事會合作—每一個都有自己獨特的文化、傳統和挑戰—同時又要保持機構的整體合一。
孫德生在帶領中國內地會的期間，經常强烈地感到自己的不足。但他同時也發現，這種不能勝任的懼怕也對他是有利的：經常提醒他要仰望主的幫助，又要完全倚靠祂。
他曾寫道：「關鍵在於你的態度。我發現每當上帝要我做些我無法勝任的新事時；每當我意識到自己的不足而轉向上帝，對祂說：『主啊，祢呼召我去做這事，我就仰望祢的供應』時，每一次祂都會帶領我度過難關。這就是自己無法勝任的感覺所讓我學習到的功課。上帝不一定會挪去這種感覺，使你感到自己足能勝任，但祂會一直幫助你。」