宋尚節小名叫主恩，生於中國福建省興化府；父親是當地美以美會（衛理公會）的牧師。他年少時就聰穎過人，脾氣暴躁，性格固執十分與眾不同。九歲時，當地教會經歷屬靈的復興，他隨之接受耶穌為救主；之後愛上讀經、祈禱和傳道。他常跟隨父親到省內的鄉村傳道，成了父親的助手；甚至還在父親太忙碌或生病時，代為講道。人稱他為「小牧師」。
美國宣教士賞識他的潛能，就幫助他取得獎學金到美國俄亥俄州的衛斯理大學就讀，計畫學成歸來能加入事奉的行列。誰知他到達後卻決定轉讀化學系。他以三年的時間讀完四年的學士課程，並且取得最高榮譽等級。幾間大學因此相應提供獎學金，包括哈佛在內。他選了俄亥俄州立大學，繼續攻讀碩士課程，之後又以破紀錄的時間完成了博士學位課程。
經過多年來課業學習上的汲汲營營，宋尚節終於能停下來喘一口氣了，卻發現自己正陷入進退兩難之中。父母的意願是讓他為了服事主而進修，而這也是他最初向主奉獻自己時的誓願。但眼前有那麼多可以選擇的機會，事奉主的路似乎不是最好的選項。俄亥俄州立大學已委任他為化學系的助理教授，北京大學也提供教職的機會，德國則提供他研究獎學金。除此以外，在學術界流行的自由神學也挑戰他反思自己的信仰。他開始懷疑：耶穌真的是宇宙的主宰和救主嗎？或祂只是一個道德的模範？
在某個黃昏，當宋尚節正反覆思考各種選擇時，他似乎聽到上帝的聲音：「人就是賺得全世界，賠上自己的生命，有什麼益處呢？」（馬可福音8章36節）他試著擺脫這個感覺。不過，翌日他與一位自由派教授談話，當對方說他「不像個科學家，倒像個傳道人」時，同樣的話又浮現他腦海中。宋尚節就告訴他，自己來到美國的本意原是要讀神學的。於是教授就建議他去紐約協和神學院，說他在那裡既可以保留自由立埸來研究宗教、滿足父親的心願，另一方面又可以保留回到科學界的機會。
這主意聽起來正中下懷。憑著他的學位和名聲，他輕易取得全額獎學金，不久他就做好決定了。1926年，他進入協和神學院，相信可以同時滿足父母希望他攻讀神學的心願，也可以滿足自己對哲學與歷史的興趣。
他真是大錯特錯。雖然有些協和神學院的教授仍持守基督教的信仰，但大多數都抱有非常自由派的想法，把耶穌視為不過是個歷史人物。對他們而言，上帝是死的，聖經裡有關耶穌復活的記載是一派胡言—學生若另有想法，也會被他們嘲笑愚弄。受到老師與同學的影響，宋尚節也開始質疑自己對上帝的理解；受到自由主義的鼓吹，他也開始研究佛教和道教，就是他的同胞們所堅持的宗教。有時候，同學還聽到他在房內唸誦佛經呢！
此時，宋尚節覺得莫名的空虛感不斷蠶食他的靈魂，這樣的感覺揮之不去，似乎再怎麼專心聽講、埋頭趕交功課，也起不了什麼作用，他的人生似乎沒有方向，心中對基督教的困惑更是讓他心煩意亂。連老師們也看出他的悶悶不樂，以為是多年來密集的學習終於讓他無法忍受。「我的靈魂在曠野遊蕩」，他日後論到這段時期說：「寢食難安，正如一葉扁舟，在茫茫無邊的苦海中漂泊，人生漫無目的，我失去了心靈上的舵手，悲悲切切地過日子。」
他在信仰上苦苦掙扎，渴望得到方向。某天傍晚，他出席紐約市一間教會的福音聚會，一位年輕女子講述自己的見證，又談到耶穌基督死在十字架上。宋尚節的同學們互相對望，露出輕蔑的嘲笑，但宋尚節卻留心聆聽每一句話。不知何故，他感到上帝的同在。他在第二個晚上、第三個晚上又再去參加聚會。雖然他在協和神學院學到的是另一回事，但上帝拯救大能的信息深深打動他的心。他思緒煩擾，就開始曠課去閱讀聖經和信徒傳記，要弄明白這讓他非常困擾的信仰到底是怎麼一回事。
1927年2月10日，上帝給宋尚節答案了。