富雅各宣教生涯的特點是一步一脚印，是純樸踏實的信心之旅，不像某些「著名」宣教士那些激昂、驚人的戲劇化經歷。他的第一步是在九月到達檳城後，按照計畫在檳城的英華男校裡擔任老師。這是一項富有意義的工作，不但指引年輕學生跟隨主基督的道路，也授予他們知識與技術，能夠作為日後生活謀生所用。富雅各料想這就是他餘生一輩子的工作。
不過，一趟馬來半島最南端之旅—到新加坡去參加衛理公會的年會，卻改變了他的想法。其中一位講員萬會督(Bishop Frank J. Warne)分享了一段引人入勝的故事，描述他在香港如何巧遇一群正要遷往婆羅洲島砂拉越的中國人。砂拉越的英國人統治者「白人拉惹」布律克(White Rajah， Charles Johnson Brooke)正要開創一個新的殖民地，藉著當地領袖說服幾百位中國農民，從中國的福州地區(今天的福建省)遷移到砂拉越。有趣的是，其中許多移民都是基督徒由早期宣教士帶領歸主，是衛理公會天安堂的會友。許多人藉此機會逃避中國長久以來的內戰和家鄉的旱災。衛理公會則看此為一個機會，可以把福音帶到更深入的地區。
萬會督接著強調最緊急的需要：他發現這一小撮的華僑到達砂拉越後，就沒有牧者或教師來引導他們走這條信仰的信心之路，以確保他們不會倒退、返回到傳統信仰和習俗之中。他呼籲說：「我奉主的名請求你們，挑選其中一位去到砂拉越的華人中間成為宣教士，願主幫助他，因為他在這個叢林地區的工作將會遇到艱難，甚至會有生命危險。」
聽到這個消息，富雅各首先是感到一陣冒險的激動。砂拉越？那不就是傳說中凶殘的獵人頭部落達雅族人的必爭之地嗎？聽起來非常嚇人—但卻令人興奮。他不知道自己能否有機會被委派去執行這項艱難的任務，但自知沒什麼毛遂自薦的資格。亞洲文化對他來說依舊陌生，對中文和馬來文的認識才剛剛起步，更不是一位被按立的牧師。他想的是對的，最終是一個比他年長、更有經驗、更有資格的人，被委派去做這份工作。
不過，富雅各依舊盼望有一天他也會有這樣的機會。他耐心、順服地回到檳城，繼續勤奮地照顧男學生在教育、社會和屬靈方面的需要。然而，只要有空閒時間，他都會盡量閱讀關於砂拉越那塊神祕土地的資料，哪怕只是少許的資料。書中對青翠叢林和達雅族海盜的描述，深深令他著迷，英國殖民政府如何爭取當地統治權，成為「白人拉惹」的故事更是引人入勝。
忙碌的一年過去了，富雅各又回到新加坡參加年會。被差派去砂拉越的衛斯特醫生(Dr. B. F. West)報告工作進度，指出這是個十分考驗體力的工作，並要求一個較年輕的人選來取代他。他說：「婆羅洲需要的是一個願意長期在那兒服事的人。」
當時他的心跳加速。他有機會被選上嗎？還是要再次回到檳城？那時29歲的他，根本不需要操心。因為有人提名他並且很快得到批准；在會議結束時就已經決定下一位到砂拉越拉讓江流域的宣教士就是富雅各。這位宣教士漫長的旅程又靜悄悄地邁出了一小步，從美國賓夕凡尼亞州到馬來亞的砂拉越。
富雅各很快就準備就緒，不久就登上另一艘船，駛向更遠的東方。不像1899年那次從美國遠道而來的行程，1903年二月的這一次旅程要短得多，不久船就到達砂拉越的首府古晉。他舉目望天，見到第一道曙光衝破籠罩城鎮的濃霧。他後來回想道：「雖然被這屬天美景所圍繞，我們卻看到船正往前駛向的河口。我帶著上帝從天而降的應許之光，去接受我的新任務。」他說在那一刻，他終於感到「我就是上帝為世界這個角落的計畫所預備的那個人。」